Tahapan penganugerahan Habibie Award diawali dengan pengusulan nama-nama yang dinominasikan untuk mendapat Habibie Award. Pengusulan atau nominasi dapat dilakukan oleh perguruan tinggi negeri atau swasta, Akademi Ilmu Pengetahuan Indonesia (AIPI), lembaga ilmu pengetahuan atau badan riset, organisasi profesi dan cendekiawan, Kamar Dagang dan Industri, Perwakilan/Kedutaan Besar RI di luar negeri, Perwakilan/Kedutaan Besar Negara Sahabat di Indonesia, dan perseorangan. Selanjutnya, para individu atau kelompok yang dinominasikan tersebut akan diseleksi oleh para pakar dari berbagai disiplin ilmu yang tergabung dalam Panitia Seleksi Habibie Award.
Pemenang Habibie Award akan menerima:
a. Medali
b. Sertifikat Penghargaan
c. Uang senilai US$ 25.000
Penganugerahan Habibie Award diselenggarakan sejak tahun 1999 oleh Yayasan Sumber Daya Manusia dalam Ilmu Pengetahuan dan Teknologi (Yayasan SDM Iptek) yang didirikan pada tanggal 12 Mei 1997 oleh Prof. Dr.-Ing. B.J. Habibie, Dr. Hasri Ainun Habibie, Dr.-Ing. Ilham Akbar Habibie, dan Dipl.-Ing. Thareq Kemal Habibie. Struktur organisasi Yayasan SDM Iptek terdiri dari:
Yayasan SDM Iptek memiliki dua program utama, yaitu pemberian beasiswa dalam dan luar negeri, serta pemberian penghargaan Habibie Award. Namun sejak 2011, Yayasan SDM Iptek memfokuskan program utama kepada Habibie Award. Pada tahun 2020, Habibie Award berganti nama menjadi Habibie Prize, yang merupakan hasil kolaborasi Yayasan SDM Iptek dengan Kementerian Riset dan Teknologi/Badan Riset dan Inovasi Nasional.
Berikut ini adalah daftar lengkap para pemenang Habibie Award.